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A pesar de ya estar incluida en el calendario oficial de vacunaciones, aún continúa el debate sobre la eficacia y los verdaderos beneficios que se obtendrían con la vacuna contra el virus que genera el cáncer de cuello de útero, es decir, el virus del papiloma.
La polémica se ha incrementado debido a la reciente aparición de dos casos de mujeres que han sido internadas por lo que se creen serían efectos secundarios de dicha vacuna.
Uno de los puntos en controversia es el precio de la vacuna, el cual es el más alto de todas las vacunas presentes en el calendario oficial de vacunaciones. Para algunos expertos, la prevención del cáncer no tiene precio; mientras que de otro lado están los que cuestionan la relación precio-beneficio y más importante aún, si la vacuna es completamente segura en el corto y largo plazo.
En opinión del presidente de la Sociedad Española de Medicina General, Pedro Cañones, la prevención del cáncer es un motivo más que suficiente para optar por la vacuna, afirmando que "prevenir el cáncer no tiene precio".
De otro lado, el presidente de la Sociedad Española de Pediatría Extrahospitalaria, Fernando Malmierca, ha cuestionado el precio de la vacuna, afirmando que en cuanto a los gastos en medicina, si se destinan ingresos para una cosa, se dejan de usar para otras.
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